В 1836 году на дальнем востоке было найдено странное мумифицированное существо в будущем названы "крысами" или "летунами". Во время эксперимента, капля крови пробудила эту тварь, тем самым на планете появилась новая раса. Они были быстрее, и сильнее любого живого существа, их скорость регенерации поражал, но их жестокости не было предела. Но оружие против них было найдено. Капля странного вещества под названием "Илизиум" попадая в кровь крысе уничтожала её. Изобретатель так и не был найден.
2077 год, борьбу с крысами ведут отважные бойцы невидимого фронта. Две организации "Светлое небо" и "Крысоловы" защищают ценой своей жизни наш покой. Самый выдающийся боец отряда, и его командир Соул Шепард, чьё прошлое загадка но крепко связано с неким человеком по имени Див Гордон. Шепард ведёт свои отряды в бой, веря что этот год станет последним в нескончаемой войне...